FM-tutkintoon kuuluvan pro gradu -tutkielman (40 op) kirjoittamisen voi Ohjelmistojärjestelmien linjalla aloittaa, kun on linjan syventävillä kursseilla tai seminaareissa hankkinut riittävät pohjatiedot tutkielman aihepiiristä. LuK-tutkinnon lisäksi pitää olla suoritettuna vähintäänkin linjan pakollinen syventävä kurssi (Ohjelmistoarkkitehtuurit) sekä yksi linjan kolmen aihepiirin peruskursseista (Ohjelmistoprosessit ja ohjelmistojen laatu, Palvelusuuntautunut ohjelmistotuotanto tai Transaktioiden hallinta).

Pro gradu -tutkielmia ohjaavat linjan professorit, lehtorit ja muut väitelleet tai lisensiaattitutkimuksen tehneet opettajat ja tutkijat (kaikki Linjaväkeä-luettelossa olevat henkilöt). Kullekin tutkielmalle määrätään laitokselta kaksi ohjaajaa (pääohjaaja ja toinen ohjaaja). Viime kädessä tutkielma-aihetta voi aina tiedustella linjavastaavalta, joka ohjaa opiskelijan tämän aihepiiritoivomuksen tai syventävien opintojen suuntautumisen perusteella sopivalle ohjaajalle.

Tutkielmien aiheiksi sopivat erityisesti sellaiset, joista linja järjestää syventäviä kursseja tai seminaareja. Myös itse kehitettyä, linjan aihepiireihin sopivaa aihetta voi ehdottaa. Tutkielma on mahdollista tehdä myös jollekin yritykselle, yleensä tämän johonkin ohjelmistokehitysprojektiin liittyen; silloinkin tutkielman täytyy täyttää kaikille pro gradu -tutkielmille asetetut yhteiset tieteelliset vaatimukset.

Oman tai yrityksestä saadun aiheidean soveltuvuudesta pro gradu -tutkielman aiheeksi on keskusteltava linjan jonkun professorin tai lehtorin kanssa. Yritykselle tehtävää tutkielmaa varten pitää opiskelijan varmistaa, että yritys mm. hyväksyy työn käyttämisen pro graduna ja tutkielman arkistoimisen julkisesti laitoksen kirjastoon.

Pro gradu -tutkielma aloittamiseen liittyviä toimenpiteitä on tarkemmin selvitetty laitoksen pro gradu -ohjeiston kohdassa aloittaminen. Kun tutkielman aiheesta on sovittu pääohjaajan kanssa, valmis aihemäärittely lähetetään yhdessä täytetyn gradulomakkeen ja tuoreen opintosuoritusotteen (verkko-ote riittää) joko paperikopiona tai sähköpostitse linjavastaavalle vahvistettavaksi.