Ohjelmistojärjestelmien osalta pääaineen ja muiden opintojen opintokokonaisuusmerkinnät antaa sekä LuK-tutkintoa että FM-tutkintoa varten opintoesimies. FM-tutkintoa varten merkintöjä haettaessa tarvitaan: (1) opintosuoritusote (verkko-ote riittää), (2) syventävien opintojen opintokokonaisuuslomake ja (3) muiden opintojen opintokokonaisuuslomake valmiiksi täytettyinä. Opintokokonaisuuslomakkeet löytyvät html-muotoisina laitoksen sivulta Opintojaksojen ja opintokokonaisuuksien suoritusmerkinnät. Täytetyt lomakkeet ja opintosuoritusote (verkko-ote) riittää lähettää linjavastaavalle sähköpostitse.

Pro gradu -tutkielma sisältyy syventävien opintojen kokonaisuuteen, joten pro gradun tarkastuslausunnon on oltava valmiina ennen kuin opintokokonaisuusmerkintää voi pyytää. Opintokokonaisuus viedään rekisteriin heti sen jälkeen, kun laitosneuvosto on gradun hyväksynyt.